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软件定制开发方案:先进院CRISPR生物设计器

成都京上云软件开发公司
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随着CRISPR等基因编辑技术的普及和设计的规范化,繁琐、耗时且易出错的传统手工基因编辑已不适应合成生物学对于高通量研究的需求。为了帮助科研工作者从繁杂的DNA双链中解放双手,我们开发了Crispr生物设计器 —— 基于CRISPR/Cas9和CRISPR/Cpf1基因编辑原理的在线工具。通过计算机辅助设计软件(BioCAD),实现对大肠杆菌、酿酒酵母等模式生物和其他非模式生物的基因进行批量、可视化、实时交互的编辑设计,并最终输出引物、导向性RNA(guide RNA,gRNA)等结果以指导下游实验。

Crispr生物设计器在sgRNA设计部分整合了CHOPCHOP的部分功能。这些功能可以提高sgRNA的定位能力、可用性和效率。为了增加靶向方位和特异性,CHOPCHOP为定制长度的gRNA提供了支持,并且使用了来自多个大规模研究的模型来评估整个sgRNA及其周围区域的序列组成。

核心功能

软件定制开发方案:先进院CRISPR生物设计器

项目价值

1、通过Crispr生物设计器选择物种基因组文件,进行相应位置的插入/替换片段操作便可得出相应引物设计结果,辅助后续下游湿实验。

2、帮助科研工作者从繁杂的DNA双链中解放双手

3、批量进行位点设计


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